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[其他] 重测序分析对bam文件排序,却报错

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  • TA的每日心情

    2016.5.30 10:06
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    发表于 2016.5.30 10:13:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
    最近分析重测序数据,利用picard sortsam对bam文件进行排序,结果提示报错:insert size out of range,大神知道啥原因吗,怎么解决啊?

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    发表于 2016.5.30 13:23:14 | 显示全部楼层
    用samtools软件排序更好啊,你在后面加个:VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT。使用picard处理bwa的paired的sam或bam的任意程序,最好加入VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT,因为paired reads有一条比对到染色体的末端时,另外一条picard无法识别就会报错终止运行!
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     楼主| 发表于 2016.5.30 15:49:35 | 显示全部楼层
    Sicau3339 发表于 2016.5.30 13:23
    用samtools软件排序更好啊,你在后面加个:VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT。使用picard处理bwa的paired的sa ...

    谢谢了 正在尝试samtools排序
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