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[多样性测序] NMDS分析中如何加入环境因子

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  • TA的每日心情

    2018.1.8 21:05
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    发表于 2019.4.5 10:10:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
    求助,R能不能在NMDS分析的时候加入环境因子(如下图)?并且在加入环境因子前,对环境因子进行筛选,如选择R^2 >0.3 (p < 0.05)的环境因子。

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     楼主| 发表于 2019.5.12 19:35:11 | 显示全部楼层
    终于明白怎么将环境因子拟合到NMDS分析中了,其实在vegan包的说明中有提到,现将说明中的代码贴出来,供需要的人参考。拿走不谢。
    library(vegan)
    data(varespec)
    data(varechem)
    library(MASS)
    ord <- metaMDS(varespec)
    fit <- envfit(ord, varechem, perm = 999)
    scores(fit, "vectors")
    plot(ord)
    plot(fit)
    plot(fit, p.max = 0.05, col = "red")
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