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[软件使用] MATLAB---画多个性状显著的Manhattan图

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  • TA的每日心情

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    [LV.1]初来乍到

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    发表于 2017.6.21 21:26:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
    % Excel表每列信息(chr,position,Pvalue)

    cc=1;% ccsheet顺序与作图颜色对应

    [n,b]=xlsread('significant-p.xlsx',cc);

    cl=[0,100,0;255,156,0;65,105,255;128,128,128;255,0,0];%绿,黄,蓝,灰,红

    cc=cc+1;%选颜色

    [marker,phe]=size(n);

    k=2;

    x(1)=1;

    f(1,1)=n(1,2);

    fori=2:1:marker

          f(i,1)=n(i,2);

        if n(i,1)~=n(i-1,1)

            x(k)=i-1;%各染色体标记个数(全基因组的序数)

            x(k+1)=i;

            k=k+2;

        end

    end

    x(24)=marker;

    for j=3:1:phe

    fori=1:1:marker

        f(i,j-1)=-log10(n(i,j));

    end

    i=1;

    end

    figure;

    for j=1:2:24

    subplot(3,4,(j+1)/2);

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),5),60,cl(1,:)/255,'s','fill');%SDW正方形

    hold;

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),17),60,cl(5,:)/255,'s','fill');%SDW正方形

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),11),60,cl(cc,:)/255,'s','fill');%SDW正方形

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),2),70,cl(1,:)/255,'^','fill');%SH上三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),3),70,cl(1,:)/255,'v','fill');%RL下三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),4),110,cl(1,:)/255,'x');%SFW五角星

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),6),67,cl(1,:)/255,'o','fill');%RDW实心圆

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),7),90,cl(1,:)/255,'*');%WC星号

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),8),70,cl(cc,:)/255,'^','fill');%SH上三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),9),70,cl(cc,:)/255,'v','fill');%RL下三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),10),110,cl(cc,:)/255,'x');%SFW五角星

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),12),67,cl(cc,:)/255,'o','fill');%RDW实心圆

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),13),90,cl(cc,:)/255,'*');%WC星号

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),14),70,cl(5,:)/255,'^','fill');%SH上三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),15),70,cl(5,:)/255,'v','fill');%RL下三角

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),16),110,cl(5,:)/255,'x');%SFW五角星

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),18),67,cl(5,:)/255,'o','fill');%RDW实心圆

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),19),90,cl(5,:)/255,'*');%WC星号

    scatter(f(x(j):x(j+1),1),f(x(j):x(j+1),20),60,cl(cc,:)/255,'+');%离子加号

    set(gca,'ylim',[4,9]);

    z=get(gca,'ylim');

    x2=repmat(f(x(j+1),1),2,1);

    plot(x2,z','k:','LineWidth',1);

    set(gca,'xlim',[0,45000000]);

    set(gca,'XTick',[0:10000000:40000000]);

    set(gca,'XTickLabel',[0:10:40]);

    set(gca,'TickDir','out');

    set(gca,'TickLength',[0.02,1]);

    set(gca,'ylim',[4,9]);

    set(gca,'yTick',[4:2:9]);

    set(gca,'FontName','TimesNew Roman','FontSize',14);

    text(f(x(j))+1000000,8.5,['Chr',num2str((j+1)/2)],'FontName','TimesNew Roman','FontSize',12);

    if(j+1)/2>=9

        xlabel('Mbp');

       end

    ifmod(((j+1)/2-1),4)==0

        ylabel('-log_{10}(\itP)');

    end

    h((j+1)/2)=subplot(3,4,(j+1)/2);

    pp=get(h((j+1)/2),'pos');

    pp(3)=pp(3)+0.028;

    pp(4)=pp(4)+0.021;

    set(h((j+1)/2),'pos',pp);

    end

    print(gcf,'-r600','-dpdf','a.pdf');

    clear all;

    clc


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