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[ChIP-seq] motif分析软件结果不一致的怎么办?

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  • TA的每日心情

    2016.12.22 13:55
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    发表于 2016.12.20 16:43:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
    最近在做chipseq,好多细节问题不清楚。想请问关于motif分析,大家都用什么软件, 我个人常用的是MEME和homer.
    1 MEME那个只是在网上在线用的,不知道为啥我每次用的时候只能用很少的peak去做, 因为上传数据大于60K就传不上去了,请问大家都遇见到类似的状况吗?还是说我分析的地方不对呀。

    2 是关于homer的, 也是这次的主要疑问。 homer结果有两种一种是denovo的homerResults还有一种是KnownResults, 想问一下这两种有啥不同 哪种出来的结果更可信, 更能用。
    以下面两张图为例,第一张的是denovo的结果, match上的蛋白有很多, 第二张是known的结果, 也有符合的蛋白列表,但是两种的结果列出的蛋白不一致,怎么选择?


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    发表于 2016.12.26 23:35:26 | 显示全部楼层
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    发表于 2017.5.14 13:44:53 | 显示全部楼层
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    发表于 2017.5.15 12:54:31 | 显示全部楼层
    参考文章:
    Transcriptome-wide mapping of  
    N6-methyladenosine by m6A-seq based on
    immunocapturing and massively parallel
    sequencing
    有非常详细step-by-step步骤
    即: 选取富集倍数最高的100个Peak的Summit的侧翼共100bp范围区域、提取序列进行motif预测
    ****
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  • TA的每日心情
    忙~
    3 天前
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    发表于 2019.5.9 19:59:22 | 显示全部楼层
    准备做
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